《忍者龙剑传2黑之章》共有30个水晶骷髅，况兼只在前14关有，沿路网罗之后不错解锁奖杯设立，况兼商店物品7折。部分水晶骷髅除了所在章节不同，位置与西格玛版以及无印版变化不大。

第一关2-1

拿完忍术“火炎龙”之后，对面的屋顶上

第一关2-2

跳出井，过了桥，有一个下坡，右手边有个樱花树，朝树跳能上二楼平台，弓箭手傍边

第二关2-1

大桥下的水底

第二关2-2

参预龙头进口前，左边沿墙跑到一个平台，穿过纸门，在架子上

第三关2-1

参预地铁站之前的楼梯一直往上爬

第三关2-2

下水说念商店后的大电扇后边（无印版是在第三个归档之后）

第四关3-1

巷说念的在墙角二段沿墙跑到一个二层上

第四关3-2

高速路栅栏缺口对面大楼的二层

第四关3-3

参预女神像基座，从楼梯跳到横梁上

第六关3-1（无印版是第五关）

捡到锁镰后的路终点的划子上

第六关3-2

过了归档点右手边的桌子上

第六关3-3

小径终点的水底

第七关3-1（无印版是第六关）

打完水龙上房顶，商店对面

第七关3-2

打完骷髅王之后，砍断断头台的绳索

第七关3-3

避讳边缘里一个书橱-需要袭击一下

第九关2-1（无印版是第七关）

打烂第一个禁止台的左边

第九关2-2

回停机坪外出向后的废地里（无印版拿双拐的后边）

第十关4-1（无印版是第八关）

雷区有两挺机枪的对面终点

第十关4-2

钟楼下楼的墙洞烛台里

第十关4-3

地铁的一个车配房间里

第十关4-4

BOSS战之前的一个齿轮上

第十二关4-1（无印版是第九关）

最右边台子边的绳索上

第十二关4-2

商店傍边的树枝上

第十二关4-3

浅池边上

第十二关4-4

河对岸边上（无印版是发生剧情后水里的尸体傍边）

第十三关2-1（无印版是第十关）

上去需要两次壁走的平台后回头再一次壁走

第十三关2-2

楼梯 左侧

第十四关3-1（无印版是第十一关）

过了双罗刹，边缘房子后头

第十四关3-2

从水下出来上岸后，砍破草丛的竹亭门板

第十四关3-3

从井口跳下去走到洞穴的终点（NG1首先磷火之术的场所）